از سوی دیگر، کیفیت آموزش در افغانستان پایین است. مقامات وزارت آموزش می‌گویند که مسدود شدن مدرسه‌ها در نتیجه ناامنی‌های روزافزون و استفاده از مدرسه‌ها به منظور سرپناه برای آوارگان، چالش‌های جدی در برابر وزارت آموزش است. وزارت آموزش و دفتر نماینده ویژه رئیسجمهور در امور حکومت‌داری خوب روز شنبه کنفرانسی در کابل برگزار کردند و مشکلات آموزش را بررسی نمودند. محمد ابراهیم شینواری، معاون وزارت آموزش در این کنفرانس گفت که در حالحاضر ۹ میلیون طفل در سراسر افغانستان به مدرسه می‌روند و شمار آموزگاران نیز چهارده برابر افزایش یافته است. آقای شینواری گفت: «با وجودی که این همه پیشرفت در عرصه آموزش یک باره بدست آمد؛ اما ناامنی نیز همزمان افزایش یافت به همین دلیل ما آنچه را می‌خواستیم به دست نیاوردیم. باید اعتراف کنیم که هنوز هم مشکلات بسیار عمیق و اساسی در برابر ما قرار دارد. به عنوان نمونه به هر اندازه کمیت را بیشتر کنیم ولی کیفیت در آموزش نباشد، ما نمی‌توانیم از آموزش موفق حرف بزنیم.» براساس اظهارات مقامات وزارت آموزش، کیفیت پایین تدریس در مدرسه‌ها سبب شده تا کودکانی که از کلاس دوازده فارغ می‌شوند، آموزش لازم را فرا نگیرند و با سطح بسیار پایینی دوره مکتب را به پایان برسانند.