دوستم از متحدان حکومت چپی‌ها در افغانستان بود و با روی کارآمدن نجیب، نیروهای دوستم که در لشکر ۵۵ امنیت ملی آن زمان مستقر بودند، نقش مهمی در دفاع از او به دوش گرفتند. از قضا که دکتر نجیب هم به قبیله احمدزی تعلق داشت، قبیله‌ای که محمد اشرف غنی نیز نسبش به آن می‌رسد. محمد اشرف غنی تاپیش از روی کارآمدن حکومت وحدت ملی احمدزی تخلص داشت و مدتی پس از روی کار آمدن این حکومت تخلص قبایلی را از جلو نامش حذف کرد. روابط ژنرال دوستم و رییس‌جمهور غنی از همان آغاز هم چندان طبیعی نبود. رییس‌جمهور غنی که در انتخابات سال ۲۰۰۹ رقیب حامدکرزی بود، دوستم را قاتل شناخته شده توصیف کرده بود. رییس‌جمهور غنی در آن زمان از کرزی به‌دلیل ائتلاف با دوستم انتقاد می‌کرد. زلمی خلیلزاد در کتاب خاطراتش نوشته است که در حکومت انتقالی هم اشرف غنی خواستار برخورد جدی‌تر حکومت با ژنرال دوستم بود. اتحاد رییس‌جمهور غنی با ژنرال دوستم در انتخابات سال ۲۰۱۴ هم نه استراتژیک بود، نه ایدئولوژیک. یک ضرورت انتخاباتی، رییس‌جمهور غنی را وادار کرده بود تا با ژنرال دوستم ائتلاف کند. در آن زمان رییس‌جمهور غنی به صراحت اعلام کرد که دوستم کاریزمای شهروندان ازبک‌تبار افغانستان است، همان طوری که مسعود و مزاری کاریزما‌های تاجیکان و هزاره‌ها بودند. با آن‌که رییس‌جمهور غنی دلایل سیاسی زیادی برای ائتلاف با دوستم داشت، اما از نصب عکس او در استان‌های جنوب‌شرقی خودداری می‌کرد. در زمان حاکمیت دکتر نجیب وظیفه ژنرال دوستم تأمین امنیت جاده کابل- خوست بود. نیروهای ژنرال دوستم در تنگی واغجان لوگر نیز حضور داشتند. نیروهای ژنرال دوستم در آن زمان با سرسختی تمام در این مناطق می‌جنگیدند و از حاکمیت دکتر نجیب دفاع می‌کردند. به‌نظر می‌رسد که فعالیت‌های نظامی ژنرال دوستم در این مناطق، خاطرات خوشی در اذهان مردمان پکتیا، پکتیکا و خوست به‌جا نگذاشته است. شاید به همین دلیل بود که ژنرال دوستم در شروع انتخابات ریاست‌جمهوری ۲۰۱۴ از خسارات احتمالی‌ای که فعالیت نظامی‌اش به مردم غیرنظامی وارد کرده، عذرخواهی کرد. اما این عذرخواهی راه عکس‌های ژنرال دوستم را به استان جنوب‌شرقی باز نکرد. شاید تصور بسیاری این است که ژنرال دوستم بیش‌از یک عذرخواهی به مردمان حوزه پکتیکا بدهکار است. نقش ژنرال دوستم در سقوط دکتر نجیب نیز وی را در میان گروه‌های قوم‌گرای پشتون به یک چهره به شدت نامحبوب بدل کرده است. این گروه‌ها در سال‌های اخیر به دکتر نجیب علاقه‌مند شده‌اند و موضع‌گیری‌های او را در مورد «دیورند» می‌ستایند. روشن است که برای کسی‌که دکتر نجیب قهرمان باشد، دوستم یک ضد قهرمان است. به‌نظر می‌رسد که مجموع این عوامل رییس‌جمهور غنی را وادار کرد که به خواسته‌های دوستم جواب مثبت ندهد. در انتخابات ریاست‌جمهوری، توجیه ائتلاف با ژنرال دوستم برای رییس‌جمهور غنی مساله بود ولی حالا کنترل دوستم برای او مساله است. چیزی که روشن است این است که تقابل دوستم با ارگ دیگر خیلی آشکار شده است. دوطرف هم روایت‌های خود را بر ضد یکدیگر تنظیم کرده‌اند. دوستم از سهم اندک ازبک‌تبارها در حکومت می‌گوید و ارگ هم از غیبت‌های دوستم شکایت دارد. نزدیکان و اطرافیان رییس‌جمهور در نشست‌های خصوصی به صراحت می‌گویند که ژنرال دوستم در بیست ماهی که از عمر حکومت وحدت ملی می‌گذرد، حتی بیست روز هم در دفترش حاضر نبوده است. به‌‌گفته آنان کرسی دوستم در شورای امنیت و شورای اقتصادی همیشه خالی است. نزدیکان رییس‌جمهور می‌گویند که وقتی کسی خود به جلسات تصمیم‌گیری نیاید، روشن است که در تصمیم‌گیری‌ها نیز سهیم نیست. این روایت‌سازی‌ها نشان‌دهنده عمق اختلاف‌ها است. اختلاف‌ها چنان داغ شده است که ژنرال دوستم حاضر است در فیس‌بوک در انتقاد از دکتر غنی حرف بزند، اما نمی‌خواهد که با او ملاقات کند و مشکل را مستقیماً با وی در میان بگذارد. به نظر نمی‌رسد که این اختلاف‌ها به زودی فروکش کند. واقعیت تلخ این است که اختلافات ژنرال دوستم و رییس‌جمهور غنی در مورد برنامه‌های اصلاحی یا استراتژی اجرای اصلاحات نیست. ژنرال دوستم فقط امتیاز بیشتر می‌خواهد و غنی نمی‌خواهد امتیاز بیشتر بدهد. ژنرال دوستم به صراحت می‌گوید که در انتخابات به رییس‌جمهور شدن اشرف غنی کمک کرده است و حال باید ارگ به او امتیازاتی را بدهد که وعده کرده است. ژنرال دوستم می‌خواهد وزیران و استاندار‌های بیشتری داشته باشد و در زمان سفرهای رییس‌جمهور به خارج از کشور، به‌عنوان سرپرست ریاست‌جمهوری، معرفی شود. از آن جایی که ائتلاف‌های سیاست‌مداران افغانستان در مورد برنامه‌ها نیست، اختلافات‌شان هم برنامه‌محور نمی‌باشد. اما شرایط امروز با شرایط زمان دکتر نجیب خیلی متفاوت است. نیروهای ناتو حضور محدود اما مقتدرانهای در افغانستان دارند. نفس حضور این نیروها سبب می‌شود که فکر براندازی و کودتا یا خارج‌کردن بخشی از کشور از کنترل دولت، در ذهن هیچ سیاست‌مداری خطور نکند.