خلیلی، تصمیم اخیر رییسجمهور مبنی بر تغییر مسیر انتقال برق ترکمنستان از بامیان به سالنگ را تبعیض آشکارا علیه مدنیترین مردم افغانستان دانسته و خواهان عملیشدن این پروژه براساس پیشنهاد شرکت معتبر «فیشنر» آلمانی که مسیر بامیان را توصیه کرده بود، شده است. خلیلی، ادعاها مبنی بر اینکه مسیر این پروژه از سوی حکومت پیشین تغییر داده شده بود را بیاساس خواند و افزود که کابینه حکومت حامد کرزی بهترین مسیر را برای انتقال این پروژه تصویب کرده بود و پس از آن هیچ فرد و نهادی حق تغییر آن را ندارد. اختلافات میان سران حکومت وحدت ملی بعد از آن بالا گرفت که رییسجمهور در جلسه روز شنبه (۱۱اردیبهشت) کابینه، برخلاف رأی اعضای کابینه و توصیههای شرکت معتبر «فیشنر» آلمان، تصمیم به تغییر مسیر انتقال خط برق ۵۰۰ کیلوولت ترکمنستان از بامیان به سالنگ گرفت.